Si tienes que instalar Java Runtime Environment porque alguna aplicación tira de él, en mi caso lo necesitaba para instalar Aptana, es tan sencillo como abrir una consola de comandos, Konsole en Kubuntu, y escribir el siguiente comando::
sudo apt-get install sun-java6-jre sun-java6-plugin sun-java6-fonts
Fuente de la noticia: linuxind